COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 21.032499 21.032499 20.019080
2021-03-12 17:00:00 22.719496 22.719496 19.868608
2021-03-11 17:00:00 19.991746 19.991746 19.815879
2021-03-10 17:00:00 18.528103 18.528103 19.664155
2021-03-09 17:00:00 18.234952 18.234952 19.436101
2021-03-08 17:00:00 23.345480 19.579563 19.341396
2021-03-07 17:00:00 19.084250 19.084250 19.142997

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 14.821677 14.821677 16.366870
2021-03-12 17:00:00 27.379054 27.379054 16.297665
2021-03-11 17:00:00 19.029734 19.029734 16.539159
2021-03-10 17:00:00 12.375250 12.375250 16.820657
2021-03-09 17:00:00 10.042965 10.042965 16.677240
2021-03-08 17:00:00 11.736887 11.736887 15.778969
2021-03-07 17:00:00 15.472860 15.472860 15.619935

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 20.176730 20.176730 16.270734
2021-03-12 17:00:00 15.807175 15.807175 16.254313
2021-03-11 17:00:00 15.680166 15.680166 16.274124
2021-03-10 17:00:00 14.411028 14.411028 16.246321
2021-03-09 17:00:00 16.077739 16.077739 16.131734
2021-03-08 17:00:00 12.962963 15.807175 15.668140
2021-03-07 17:00:00 16.161616 16.161616 15.364263

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 11.307566 11.307566 9.802242
2021-03-12 17:00:00 11.923378 11.923378 9.701043
2021-03-11 17:00:00 12.861137 10.721443 9.594889
2021-03-10 17:00:00 10.703480 10.703480 9.492564
2021-03-09 17:00:00 6.699640 6.699640 9.260365
2021-03-08 17:00:00 8.113036 3.659539 9.061138
2021-03-07 17:00:00 10.439560 10.439560 8.968779

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 17.786920 17.786920 18.613441
2021-03-12 17:00:00 23.473011 23.473011 18.441813
2021-03-11 17:00:00 17.080158 17.080158 18.289062
2021-03-10 17:00:00 19.677022 19.677022 18.081078
2021-03-09 17:00:00 19.347236 19.347236 17.999270
2021-03-08 17:00:00 25.480471 17.569233 17.958058
2021-03-07 17:00:00 15.184768 15.184768 17.730017

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 39.207868 39.207868 38.745121
2021-03-12 17:00:00 45.635910 45.635910 38.778226
2021-03-11 17:00:00 39.913019 39.913019 38.254696
2021-03-10 17:00:00 30.563041 30.563041 37.920413
2021-03-09 17:00:00 43.075013 32.720415 37.691892
2021-03-08 17:00:00 61.473554 40.628400 37.456789
2021-03-07 17:00:00 38.498362 38.498362 37.196813

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 23.164803 23.164803 22.034538
2021-03-12 17:00:00 20.450716 20.450716 21.904312
2021-03-11 17:00:00 21.973392 21.973392 21.685410
2021-03-10 17:00:00 22.795472 22.795472 21.513800
2021-03-09 17:00:00 22.964670 22.964670 21.133659
2021-03-08 17:00:00 24.599881 24.599881 20.918454
2021-03-07 17:00:00 20.601238 20.601238 20.656736

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 8.648228 8.648228 7.441452
2021-03-12 17:00:00 7.985638 7.985638 7.358862
2021-03-11 17:00:00 7.791870 7.791870 7.362169
2021-03-10 17:00:00 7.356997 7.356997 7.328695
2021-03-09 17:00:00 7.152854 7.152854 7.243408
2021-03-08 17:00:00 13.821903 5.450160 7.131914
2021-03-07 17:00:00 7.087133 7.087133 7.072043

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 11.677444 11.677444 11.929545
2021-03-12 17:00:00 14.376771 14.376771 11.941635
2021-03-11 17:00:00 13.115285 13.115285 12.044465
2021-03-10 17:00:00 11.728395 11.728395 12.097512
2021-03-09 17:00:00 9.590101 9.590101 12.141307
2021-03-08 17:00:00 17.282958 8.040389 12.236106
2021-03-07 17:00:00 14.253898 14.253898 12.177769

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 36.891909 36.891909 34.876525
2021-03-12 17:00:00 37.836858 37.836858 34.543779
2021-03-11 17:00:00 34.705987 34.705987 34.203492
2021-03-10 17:00:00 32.687759 32.687759 33.921901
2021-03-09 17:00:00 35.790027 35.790027 33.835041
2021-03-08 17:00:00 28.340929 28.340929 33.551775
2021-03-07 17:00:00 31.827723 31.827723 33.116934

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 26.448030 22.824650 21.695179
2021-03-12 17:00:00 24.461237 24.461237 21.660022
2021-03-11 17:00:00 21.284955 21.284955 21.703256
2021-03-10 17:00:00 18.840890 18.840890 21.357760
2021-03-09 17:00:00 10.620136 21.667085 20.562122
2021-03-08 17:00:00 20.173410 21.390911 20.382845
2021-03-07 17:00:00 24.433611 24.433611 20.195920

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 13.282248 13.282248 9.273819
2021-03-12 17:00:00 8.488372 8.488372 9.601749
2021-03-11 17:00:00 12.068966 12.068966 9.470825
2021-03-10 17:00:00 6.762468 10.217114 9.393047
2021-03-09 17:00:00 5.442177 3.210702 9.202034
2021-03-08 17:00:00 8.215962 8.215962 9.268830
2021-03-07 17:00:00 7.985697 7.985697 9.521563

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 58.653846 58.653846 64.569889
2021-03-12 17:00:00 54.646840 54.646840 65.113609
2021-03-11 17:00:00 66.123779 66.123779 64.892839
2021-03-10 17:00:00 52.722772 52.722772 65.551642
2021-03-09 17:00:00 81.651376 81.651376 67.104842
2021-03-08 17:00:00 61.538462 141.958042 67.582954
2021-03-07 17:00:00 34.932821 34.932821 67.210778

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 71.556886 71.556886 61.114351
2021-03-12 17:00:00 68.872549 68.872549 60.531309
2021-03-11 17:00:00 72.834646 72.834646 60.198076
2021-03-10 17:00:00 64.490446 64.490446 59.377453
2021-03-09 17:00:00 28.063241 28.063241 58.516934
2021-03-08 17:00:00 34.728033 115.062762 58.981353
2021-03-07 17:00:00 56.468172 56.468172 59.378529

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 20.715794 20.715794 20.046228
2021-03-12 17:00:00 28.531073 20.319501 20.234368
2021-03-11 17:00:00 21.996969 21.996969 20.835799
2021-03-10 17:00:00 22.144374 22.144374 20.914877
2021-03-09 17:00:00 19.120713 19.120713 20.820276
2021-03-08 17:00:00 28.173590 12.750761 21.023739
2021-03-07 17:00:00 23.400061 23.400061 21.106235

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 29.010239 29.010239 27.658582
2021-03-12 17:00:00 28.808055 28.808055 27.686932
2021-03-11 17:00:00 28.546471 28.546471 27.913087
2021-03-10 17:00:00 23.201890 23.201890 27.974557
2021-03-09 17:00:00 21.617079 21.617079 27.428846
2021-03-08 17:00:00 21.146315 27.175163 27.633679
2021-03-07 17:00:00 53.946754 53.946754 27.442458

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 4.956689 4.956689 4.577992
2021-03-12 17:00:00 4.535730 5.115830 4.475854
2021-03-11 17:00:00 6.037736 6.037736 4.436278
2021-03-10 17:00:00 3.137066 3.137066 4.385954
2021-03-09 17:00:00 7.097715 4.472533 4.303759
2021-03-08 17:00:00 7.142857 3.302574 4.242051
2021-03-07 17:00:00 4.752376 4.752376 4.178635

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 12.940474 12.940474 13.133322
2021-03-12 17:00:00 13.070260 13.070260 13.059322
2021-03-11 17:00:00 13.686354 13.686354 13.003001
2021-03-10 17:00:00 13.587488 13.587488 12.865884
2021-03-09 17:00:00 13.452408 13.452408 12.787777
2021-03-08 17:00:00 12.055243 12.055243 12.587823
2021-03-07 17:00:00 12.814238 12.814238 12.352205

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 11.246819 11.246819 10.443799
2021-03-12 17:00:00 10.897543 10.897543 10.366351
2021-03-11 17:00:00 9.880853 9.880853 10.286137
2021-03-10 17:00:00 10.227003 10.227003 10.169032
2021-03-09 17:00:00 8.704348 11.008696 10.072124
2021-03-08 17:00:00 13.015749 9.799889 9.904137
2021-03-07 17:00:00 10.085597 10.085597 9.805407

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 24.257426 24.257426 24.943441
2021-03-12 17:00:00 21.303502 21.303502 25.433321
2021-03-11 17:00:00 28.818737 28.818737 25.793565
2021-03-10 17:00:00 25.583405 25.583405 25.989463
2021-03-09 17:00:00 19.446773 19.446773 26.748974
2021-03-08 17:00:00 33.600000 29.212254 27.181640
2021-03-07 17:00:00 27.657143 27.657143 27.381603

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 11.923077 11.923077 11.073805
2021-03-12 17:00:00 23.728814 23.728814 11.009916
2021-03-11 17:00:00 16.019417 16.019417 10.757929
2021-03-10 17:00:00 6.825939 6.825939 10.299508
2021-03-09 17:00:00 4.371585 4.371585 9.952942
2021-03-08 17:00:00 55.555556 55.555556 9.646231
2021-03-07 17:00:00 2.491103 2.491103 9.204711

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-13 17:00:00 35.537300 29.304605 31.644335
2021-03-12 17:00:00 34.810811 28.126126 31.986601
2021-03-11 17:00:00 31.084337 31.084337 32.367690
2021-03-10 17:00:00 31.592795 31.592795 32.616048
2021-03-09 17:00:00 28.832706 28.832706 32.697118
2021-03-08 17:00:00 32.827407 65.264527 32.268225
2021-03-07 17:00:00 33.252165 33.252165 32.165843

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 14.821677 14.821677 16.366870
Basilicata 20.176730 20.176730 16.270734
Calabria 11.307566 11.307566 9.802242
Campania 17.786920 17.786920 18.613441
Emilia-Romagna 39.207868 39.207868 38.745121
Friuli Venezia Giulia 23.164803 23.164803 22.034538
Lazio 8.648228 8.648228 7.441452
Liguria 11.677444 11.677444 11.929545
Lombardia 36.891909 36.891909 34.876525
Marche 26.448030 22.824650 21.695179
Molise 13.282248 13.282248 9.273819
P.A. Bolzano 58.653846 58.653846 64.569889
P.A. Trento 71.556886 71.556886 61.114351
Piemonte 20.715794 20.715794 20.046228
Puglia 29.010239 29.010239 27.658582
Sardegna 4.956689 4.956689 4.577992
Sicilia 12.940474 12.940474 13.133322
Toscana 11.246819 11.246819 10.443799
Umbria 24.257426 24.257426 24.943441
Valle d'Aosta 11.923077 11.923077 11.073805
Veneto 35.537300 29.304605 31.644335

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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